Nội dung phim Đại Minh Dưới Kính Hiển Vi kể về câu chuyện của Soái Gia Mặc - chàng trai bị ám ảnh bởi toán học, không một chút hứng thú với tửu sắc bài bạc. Thú vui của anh chàng này là chính sửa lại những sai sót trong sổ sách. Chỉ cần có được cơ hội, anh chàng sẽ tìm cách lén vào kho tài liệu để xem lại những sổ sách cũ để tính toán lại các con số.  

Trong tất cả các loại thuế của phủ Huy Châu, do 6 huyện cùng gánh vác Gia Mặc đã vô tình phát hiện ra mục “ thuế tơ lụa” chỉ do một huyện Thiệp đảm nhận nhiều năm qua. Tiếp đó, truy tìm được bằng chứng để giúp người dân huyện Thiệp đòi lại công bằng. Kể từ đây, Soái Gia Mặc đã bị cuốn vào “vụ án tơ lụa”, mở ra một câu chuyện theo dòng lịch sử chính trị của triều Đại Minh. Bất luận phía trước có bao nhiêu khó khăn và trở ngại, chỉ cần động chạm đến lợi ích của ai, phép tính có những lỗi sai, nhất định phải sửa đổi đó chính là ý chí kiên định và hoài bão của Soái Gia Mặc